D'abord ce ne sont pas les commerçants qui refusent le rendu de monnaie, c'est une obligation légale qui leur est imposée (article 19 Ordonnance du 22//9/1967 - article 6 décret n° 67.1165 du 22/12/1967).
Le rendu de monnaie peut être assimilé à de la "fausse-monnaie" sur le point de vue théorique, est en contradiction avec la réglementation qui limite les usages du TR, "fabrique" de l'argent issu d'un revenu non-imposé et minore la valeur du TR en agissant négativement sur la part de l'employeur ce qui fausse les cotisations fiscales et sociales qui y sont attachées.
De même, dans l'absolu théorie, je crois que le commerçant doit refuser le paiement par ce biais si le montant à payer est inférieur à la valeur du TR.
Enfin, le commerçant a, à mon sens, tout intérêt à ne pas rendre la monnaie ; ainsi, il reste dans la légalité et surtout, cela incite le client à acheter "quelque chose de plus" afin de ne rien "perdre" ; l'expérience montre que si le TR est à 5€ mais que l'addition est à 4,50€, la majorité des clients va préférer rajouter un produit pour passer à disons 5,50€ en complétant de sa poche, plutôt que partir en "laissant" 50ct. Ce mécanisme permet au commerçant de faire de la vente suggestive, ce qui augmente son plateau moyen, donc son chiffre d'affaire.
Après, malgré tout et pour donner un ordre de grandeur, dans un commerce de bouche dans lequel j'ai travaillé, le surplus dû aux TR représentait environ 1% du chiffre quotidien.

Cela dit, je crois que les coûts de traitements et les incidents liés aux TR coûtaient beaucoup plus à l'entreprise que ça ne rapportait en surplus. Par exemple, les TR déclarés volés (dont les numéros sont adressés aux restaurateurs) ne sont pas remboursés. De même le traitement quotidien des TR représentait environ 1h de travail en surplus par rapport aux autres modes de paiement, sans compter les problèmes liés au paiement différé. Enfin, les TR périmés sont régulièrement encaissés par inadvertance, mais plus remboursés passé le 1er mars.
Je pense que le coût engendré est donc supérieur au bénéfice.

Pour compléter l'excellent commentaire ci dessus,
j'ajouterais qu'en plus de faire perdre du temps et d'exiger une grande attention (date de valeur, faux TR) le commerçant doit envoyer sous recommandé (payant donc, et non remboursé) ses TR avant de pouvoir les encaisser. C'est donc de "l'argent dehors" le temps d'en avoir assez pour justifier un envoi.
A gros volume d'affaire, ce moyen de paiement est appréciable, mais pour de petits restaurateurs, c'est assez moyen.

Quelques enseignes rendent quand même la monnaie (mc donald dans la limite de 2€ il me semble)

Le coût est supérieur, et c'est pour cela qu'on trouve encore des endroits où les TR sont refusés, même si c'est de plus en plus rare, compétitivité oblige...

Les pourboires sont des revenus parfaitement légaux. Ce qui ne l'est pas, c'est de ne pas déclarer les pourboires dans ses revenus.

Et l'excellente question : a quoi servent les TR ?? L'employeur pourrait très bien donner 5€ net par jour travaillé (non fiscalisé) comme le font beaucoup d'entreprise au lieu d'un ticket contraignant.

A le système d'usine a gaz pour dessous de table, fraude, petit cadeau et copinage...

C'est pas de la faut des sa lariés si au lieu d'augmenter les salaires, les entreprises leur propose des TR qui plus est, ils payent en bonne partie.

Si j'ai envie d'un croissant, je vais payé avec mon TR parcequ'il faut bien que je les dépense ces fameux TR; les restaurant nécessitant deux voir plus TR par repas, le soit disant avantages salariales tourne en perte pour le salarié.

Il est vrai que c'est au législateu de revoir la réglementation en la matière et de revoir les frais de traitement pour les commerçants afin de trouver un terrain d'entente pour le commerçant et le salarié